Η Ελληνική Εταιρεία Ψυχαναλυτικής Ψυχοθεραπείας ιδρύθηκε την άνοιξη του 1977, ως Ε.Π.Ε. από τους:
- Αθηνά Αλεξανδρή, Ψυχίατρο – Παιδοψυχίατρο – Ψυχαναλύτρια, μέλος της Διεθνούς Ψυχαναλυτικής Ένωσης.
- Ανδρέα Γιαννακούλα, Ψυχίατρο-Παιδοψυχίατρο, Ψυχαναλυτή, μέλος της Διεθνούς Ψυχαναλυτικής Ένωσης.
- Ματθαίο Γιωσαφάτ, Ψυχίατρο-Παιδοψυχίατρο, Ψυχοθεραπευτή, μέλος της Βρετανικής Ψυχοθεραπευτικής Ένωσης.
- Παναγιώτη Σακελλαρόπουλο, Ψυχίατρο-Παιδοψυχίατρο, Ψυχαναλυτή, μέλος της Διεθνούς Ψυχαναλυτικής Ένωσης.
- Ιωάννη Τσιάντη, Ψυχίατρο-Παιδοψυχίατρο, Ψυχοθεραπευτή, μέλος της Βρετανικής Ψυχοθεραπευτικής Ένωσης.
Τα ιδρυτικά μέλη, όλα με ενεργό παρουσία στον ψυχιατρικό χώρο, πίστευαν πως η θεσμοθέτηση της εκπαίδευσης στην ψυχαναλυτική – ψυχοθεραπευτική θεωρία και πρακτική στη χώρα μας ήταν ένα ώριμο αίτημα της περιόδου της μεταπολίτευσης. Θεωρήθηκε ακόμη αναγκαία η ίδρυση της Εταιρείας για την ανάπτυξη και διάδοση του ψυχαναλυτικού λόγου, τη βελτίωση του επιπέδου εκπαίδευσης των επαγγελματιών ψυχικής υγείας και την εξέλιξη της δημόσιας ψυχιατρικής περίθαλψης.
Η ΕΕΨΨ στα αρχικά της βήματα βρισκόταν σε επιστημονική σύνδεση με τη Βρετανική Ένωση Ψυχοθεραπευτών, ενώ αργότερα συνέβαλε στην δημιουργία της Ευρωπαϊκής Ομοσπονδίας Ψυχαναλυτικής Ψυχοθεραπείας στον Δημόσιο Τομέα (European Federation for Psychoanalytic Psychotherapy in the Public Sector).
Το 1986, λόγω της αύξησης των τακτικών και εκπαιδευομένων μελών της, η ΕΕΨΨ εξελίχθηκε σε Επιστημονικό Σωματείο με εγκεκριμένο καταστατικό από το πρωτοδικείο Αθηνών, το οποίο αναθεωρήθηκε το 1995. Την ίδια χρονιά εγκρίθηκε και ο Εσωτερικός Κανονισμός. Το 1997, μετά από δυο χρόνια αξιολόγησης η ΕΕΨΨ έγινε μέλος της Διεθνούς Ομοσπονδίας Ψυχαναλυτικών Εταιρειών (International Federation of Psychoanalytic Societies).
Το 2019 έγινε η τελευταία αναθεώρηση του καταστατικού καθώς και του εσωτερικού κανονισμού. Σημαντική εξέλιξη ήταν η αλλαγή του τίτλου της Εταιρείας από Ελληνική Εταιρεία Ψυχαναλυτικής Ψυχοθεραπείας (ΕΕΨΨ) σε Ελληνική Εταιρεία Ψυχανάλυσης και Ψυχαναλυτικής Ψυχοθεραπείας (ΕΕΨΨ). Η αλλαγή του τίτλου -μέσω των νόμιμων διαδικασιών- θεωρήθηκε αναγκαία, ώστε αυτός να εκφράζει ακριβέστερα την ταυτότητα της Εταιρείας, το είδος της εκπαίδευσης που παρέχει από την ίδρυση της έως σήμερα, καθώς και τον τρόπο εργασίας των μελών της.